Giám đốc Trung tâm là người đứng đầu Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Y tế và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm.
1. Lãnh đạo Trung tâm: gồm Giám đốc và các Phó Giám đốc. Số lượng Phó Giám đốc Trung tâm thực hiện theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền về số lượng cấp phó người đứng đầu các đơn vị sự nghiệp công lập.
a) Giám đốc Trung tâm là người đứng đầu Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Y tế và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm.
b) Phó Giám đốc Trung tâm là người giúp Giám đốc phụ trách, chỉ đạo một số mặt công tác của Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc vắng mặt, một Phó Giám đốc được Giám đốc ủy nhiệm thay Giám đốc điều hành các hoạt động của Trung tâm.
c) Việc bổ nhiệm Giám đốc, Phó Giám đốc Trung tâm do Giám đốc Sở Y tế quyết định theo tiêu chuẩn chức danh và theo quy định về phân công, phân cấp quản lý công chức, viên chức thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh. Việc miễn nhiệm, điều động, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Trung tâm theo quy định của pháp luật và quy định về phân công, phân cấp quản lý viên chức thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh.
2. Các phòng chức năng, gồm:
a) Phòng Tổ chức - Hành chính.
b) Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ.
c) Phòng Tài chính - Kế toán.
d) Phòng Dân số - Truyền thông và Giáo dục sức khỏe.
3. Các khoa chuyên môn, gồm:
a) Khoa Khám bệnh.
b) Khoa Cấp cứu - Hồi sức tích cực và Chống độc.
c) Khoa Nội - Nhi - Nhiễm.
d) Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng.
đ) Khoa Ngoại.
e) Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản và Phụ sản.
g) Khoa Xét nghiệm.
h) Khoa Chẩn đoán hình ảnh.
i) Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế.
k) Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS - An toàn thực phẩm - Y tế công cộng.
l) Khoa Methadone.
4. Phòng khám đa khoa khu vực và các Trạm Y tế, gồm:
a) Phòng khám đa khoa khu vực Phan Rí Cửa.
b) Trạm Y tế xã Hòa Minh.
c) Trạm Y tế xã Bình Thạnh.
d) Trạm Y tế xã Phong Phú.
đ) Trạm Y tế xã Phú Lạc.
e) Trạm Y tế thị trấn Liên Hương.
g) Trạm Y tế xã Vĩnh Hảo.
h) Trạm Y tế xã Vĩnh Tân.
i) Trạm Y tế xã Phước Thể.
k) Trạm Y tế xã Chí Công.
l) Trạm Y tế xã Phan Dũng.
5. Các phòng, khoa có Trưởng phòng/khoa, Phó Trưởng phòng/khoa và các viên chức, người lao động; số lượng Phó Trưởng phòng, khoa thực hiện theo đúng quy định hiện hành.
Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật và thực hiện chế độ, chính sách đối với Trưởng phòng/khoa, Phó Trưởng phòng/khoa thực hiện theo quy định pháp luật và quy định về phân công, phân cấp quản lý viên chức thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh.